自南宋以来，黄河就实现了“夺淮入海”，对江淮地区的威胁也变得更加严重。到了明清时期，由于黄河上游生态破坏严重，使得黄河的泛滥、改道的频率加快，治理黄河的难度也随之增加。

清朝初期，黄河泛滥问题越发严重。根据统计，顺治年间，黄河大决口就有15次；康熙初年（1662—1677年），黄河决堤更是达到了惊人的67次。清初黄河泛滥如此频繁，主要是由于以下几点原因造成的。

第一，明朝治理黄河留下的弊端。明朝前期，曾对黄河进行了大规模的治理，使得黄河由泗夺淮的线路得以固定下来。黄河夺淮入海造成的问题就是淮河水系的压力空前增大，一旦发生洪水，黄河和淮河之水纷纷涌入运河，将堤坝冲决，最终泛滥成灾。到了明朝后期，由于明廷腐败，财政亏空，黄河的治理也就荒废，黄河的淤积严重起来。

第二，战争的破坏。从明朝万历年间到清朝顺治年间，黄河流域发生了李自成起义和清军入关等大规模的战争，使得经济遭到严重破坏，水利工程也出现了大面积的荒废和破坏。

第三，社会秩序的混乱。明末清初，地方官员为了私利，争夺水源，开挖壕沟等，导致河道混乱。例如泗州和盱眙在州官的支持下新开8条沟渠，导致周桥闸、翟家坝决堤，高邮等地遭水淹没。

黄河图

清初，国家忙于南征北战，没有多余的精力和财政来治理黄河。即使清廷向地方下达治理黄河的命令，地方官员也存在严重的腐败问题，导致黄河治理一拖再拖。

康熙亲政之后，将“三藩”、漕运、河工视为三大要事。他曾说“朕听政以来，以三藩及河工、漕运为大事，夙夜廑念，未尝偶忘，曾书而悬之宫中柱上。”然而，亲政之初，清朝又爆发了“三藩之乱”，康熙又将大部分精力投入平叛。直到三藩之乱即将平定，治理黄河的大工程才正式启动。

二，靳辅提出运河黄河一体治理的方案

1676年，康熙帝派遣工部尚书冀如锡勘察河工，冀如锡的报告显示了问题的严重性。首先是河道年久失修，泛滥成灾；其次是官员腐败，河道总督王光裕在挪用治河公款，欺上瞒下，使得一系列工程成为烂尾；第三是缺乏得力的治河人才。康熙看了报告，立即撤销了王光裕的职务，改派安徽巡抚靳辅为河道总督。

靳辅，字紫垣，辽阳人，是汉八旗人，曾经担任过内阁中书、兵部员外郎、郎中、通政使司右通政使、内阁学士兼礼部待郎和安徽巡抚等职。靳辅还有一位得力的幕友，名为陈潢，字天一，浙江钱塘人。陈潢喜读经世之书，但是屡试不就。康熙十年，陈潢结识靳辅，并成为了靳辅的幕僚。靳辅的许多治河意见都来自于陈潢，靳辅曾说“凡臣所经营，皆潢之计议。”

为了全面掌握黄河下游的情况，靳辅和陈潢到任后的第一步就是调查。他们用了两个月的时间，沿着黄河干流“上下千里，泥行相度”，进行实地考察，广泛征集乡绅、兵民、工匠、役夫的意见，“凡有一言可取，一事可行者”。

康熙皇帝认为治理黄河不是小修小补，“务为一劳永逸之计”。在此思想指导下，靳辅提出了将运河和黄河一起治理的总体方案，即“审其全局，将河道运道为一体，彻首尾而合治之”。靳辅认为，“盖运道之阻塞，率由于河道之变迁”，因而不能只治理运河，只有根治了黄河，才能保障运河的畅通无阻。

经过考察，研究，靳辅决定采用明朝河臣潘季驯“筑堤束水，以水攻沙”的方法。他连续向康熙帝上奏自己的治河理念，也就是《经理河工八疏》。康熙将靳辅的治河方案交给议政王大臣会议讨论。议政王们对此方案不是很满意，提出将暂缓实行，靳辅又进行了修改，再上《敬陈经理河工八疏》。

1678年，康熙帝再次将靳辅的方案交给议政王大臣会议讨论，终于获得了通过。根据靳辅的申请，康熙从国库中拨银250万两，限期3年完成。于是，康熙年间的治河工程正式启动了。

三，靳辅全面治理黄河

1678年，吴三桂在衡阳匆匆称帝，但是清军已经开始了全面的反攻。“三藩之乱”尚未结束，治理黄河的大工程就已经启动。

靳辅治河的措施主要分为三部分。第一，疏浚河道，开凿引河。明朝潘季驯治理黄河主要在于堤防，但是忽略了疏导。清初，黄河上下决口七十八处，堤防之法已经行不通。于是靳辅在清江浦、清口、洪泽湖、高堰等地开凿引河，让黄河、淮河之水东流畅通。在前人的经验之上，实行束水刷沙，冲击水中之淤泥，使得河道变得通畅。第三，筑减水坝闸和涵洞保固堤堰。

靳辅一共在黄河、运河两岸筑遥堤、缕堤、格堤、月堤等九十多万丈，开凿引河几千里，修建减水闸、坝和涵洞近二百座，使得黄河、淮河和运河之水尽皆被束归漕。

靳辅的治河工程在三年期限内基本实现，但是没有彻底完成，主要是黄河北岸的治理尚未完工。实际上，靳辅早就已经分析了黄河北岸决堤的危害远大于南岸，北岸一旦决堤，就会导致整个华北平原成为沼泽。因此，他认为治理黄河的重点不是下游，而是在开封到宿迁一带。但是考虑到黄河夺河塞运，阻断南北交通，因此靳辅才选择首先治理黄河下游。

三年之期到，靳辅上疏自责，请求处分，康熙帝令其“戴罪督修”。此后，黄河又发生了两次决堤的现象，大臣们开始出现疑义。1682年，康熙帝派遣户部尚书伊桑阿等4人勘视河工，不久崔维雅又上书《河防刍议》和《两河治略》，对靳辅治河进行全面的否定，并提出了24个问题。靳辅一一答辩，康熙为了控制舆论，依然将之革职，令其戴罪督修。1683年，导黄入海工程基本实现，康熙帝也恢复了靳辅河道总督的职务。

随后，靳辅开始重点治理黄河中游。于是乎，河南到宿迁一带的堤坝、减水闸坝等工程开始大规模修建起来。在治理黄河的同时，靳辅还治理了运河。经过治理，运河基本避开了黄河淤积地区。靳辅开挖中河，大大减少了运河和黄河的共用河道。在明代之前，运河需要借助黄河行驶500里，而明朝治理后，也需要借黄河水道200里。靳辅开中河后，运河只需要借黄河水道7里，极大地避免了黄河带来的隐患。

正在治河的关键时期，清廷内部发生了矛盾。于成龙等官员主张开浚河口故道，和靳铺、陈潢等人的“筑堤束水以注海”方案产生了矛盾。而这种争论最终演化为了党争。最终，康熙选择支持于成龙。1688年，康熙南巡，再次将靳辅革职、陈潢下狱。

后来康熙南巡发现“上河堤岸修筑坚固”“江南、淮南诸地方，自民人、船夫，皆称誉前任河道总督靳辅,思念不忘”。于是康熙才醒悟过来。1692年，康熙帝重新委任靳辅为河道总督，但靳辅已经在当年去世。

此后的30年，清朝一直按照靳辅的方法来治理黄河，就连于成龙这些曾经反对他的人也修正了自己的错误。当康熙质问时，于成龙说“臣彼时妄言，今亦视辅而行。”